O IFSC recebeu 96 funções comissionadas de coordenação de curso (FCCs), de acordo com a Portaria 831, do Ministério da Educação, publicada na edição de 10 de setembro do Diário Oficial da União. As funções serão destinadas às coordenadorias de cursos técnicos, de graduação e de mestrado. As FCCs foram instituídas pela lei 12.677/2012, para servidores que desempenhem atividade de coordenação acadêmica de cursos técnicos, tecnológicos, de graduação e de pós-graduação stricto sensu.